<div dir="ltr"><font face="arial, sans-serif">Hello,</font><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif">I am attempting to run BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) through HTCondor.</span><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Im not sure if this is an HTCondor related issue or a BLAST related issue, but any assistance would be greatly appreciated.</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Here is my submit file: </font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><font face="arial, sans-serif"><b>universe = vanilla<br>BlastIndexStr = $(Process) + 1<br>BlastIndex = $INT(BlastIndexStr,%d)<br>executable = C:\Program Files\NCBI\blast-2.12.0+\bin\blastn.exe<br>transfer_executable = False<br>arguments = -query group_$(BlastIndex).fasta -db blast_databases\16S_ribosomal_RNA -max_target_seqs 1 -outfmt 6<br>output = results_9\group_$(BlastIndex).report<br>error = errors_9\blast$(BlastIndex).err<br>log = logs_9\blast$(BlastIndex).log<br>transfer_input_files = group_$(BlastIndex).fasta, blast_databases<br>should_transfer_files = YES<br>queue 32</b><br><br></font><div><font face="arial, sans-serif">Occasionally some of the jobs send this to standard error: "<span style="font-size:14px"><b>FATAL ERROR: inappropriate recursion initializing NCBI diagnostic framework</b>" </span></font><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:14px">When this occurs, the output file is empty. </span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:14px">When that specific error is not there, I think I obtain the expected BLAST output, which is a large file that looks like this (first 8 lines):</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:14px"><br></span></div>SRR10211832.1.1        NR_121731.1     98.311  296     5       0       6       301     5       300     2.53e-147       520<br>SRR10211832.1.2    NR_113069.1     80.144  277     46      9       6       277     1       273     1.35e-50        198<br>SRR10211832.1.3    NR_044972.1     83.389  301     44      3       6       301     1       300     2.18e-73        274<br>SRR10211832.1.5    NR_144745.1     82.796  279     32      13      6       276     1       271     1.03e-61        235<br>SRR10211832.1.6    NR_074809.1     91.864  295     24      0       5       299     2       296     4.42e-115       412<br>SRR10211832.1.7    NR_113152.1     90.236  297     24      5       6       301     1       293     3.47e-106       383<br>SRR10211832.1.8    NR_113069.1     80.743  296     52      5       6       298     1       294     6.19e-59        226<br><div>SRR10211832.1.9 NR_024673.1     87.043  301     29      9       6       300     1       297     1.27e-90        331<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:14px">.</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:14px">Additionally, there is occasionally an issue with mutex errors (error log shown below) even though the BLAST executable should be running in a single thread:</span></div><div><span style="font-size:14px"><font face="arial, sans-serif"><br></font></span></div><div><font face="arial, sans-serif"><b>Error: Expression failed: init_mutex<br>Error: Expression failed: WaitForSingleObject(init_mutex, INFINITE) == WAIT_OBJECT_0<br>Error: Expression failed: ReleaseMutex(init_mutex)<br>Error: Expression failed: init_mutex<br>Error: Expression failed: WaitForSingleObject(init_mutex, INFINITE) == WAIT_OBJECT_0<br>Error: Expression failed: ReleaseMutex(init_mutex)</b><span style="font-size:14px"><br></span></font></div><div><b><font face="arial, sans-serif"><br></font></b></div><div><font face="arial, sans-serif">Again, any help would be much appreciated!</font></div><div><font face="arial, sans-serif" style=""><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif" style="">Thanks,</font></div><div>Sameh</div><div><b><font face="arial, sans-serif"><br></font></b></div><div><div style="box-sizing:border-box;font-family:"Segoe UI",system-ui,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",sans-serif;font-size:14px"><br></div></div></div>